概要
海底火山 の噴火によってできた新島「秋の島新島」を取材していた毎朝新聞記者・岩倉は、島の上に立つ全裸の少年を発見する。言葉も話せず、身元も不明なため、医者に引き取られることになった少年だったが、瞬く間に言葉や、様々な事柄を習得していくなど非人間的な能力をのぞかせ始める。実は、彼ははるか太古（ 古代エジプト文明 の時代）に地球に訪れた 異星人 が地球人の潜在的な進歩の可能性とその残虐な本性の将来を恐れ、宇宙にとって地球人が危険な存在となった場合に地球ごと破壊し人類を抹殺するキーとしてセットされた少年「マーズ」だった。 しかしマーズは、火山活動の影響により予定（21世紀末）より100年早く目覚めたため、地球を破壊するという使命を忘れていた。マーズと同じく異星人により地球にセットされた6人の監視者に、危険な存在となった地球人を滅ぼすように促されるが、地球人が滅ぼさなければいけない程に危険な存在とは思えなかったマーズは、地球を滅ぼすための爆弾を内蔵したロボット「ガイアー」とともに、6人の監視者と彼らの操るロボット「六神体」と戦う決意をする。 かたや、秋の島新島に隠されたマーズの秘密を探りに行った岩倉は、爆発の影響でマーズを格納していた部屋に閉じ込められる。そこでマーズの教育装置の表示する文字を解読した岩倉は、恐るべき事実を知る。 マーズは第四の神体までを破壊することに成功するが、東京が第五の神体ウラエウス、そして第六の神体ラーに襲撃される。自衛艦を使ったおとり作戦でマーズはウラエウスを撃破するが、六神体すべてが破壊されたときにガイアーが爆発するという岩倉のもたらした情報を知ったことでラーに苦戦する。防衛庁長官の遺言となった神体の弱点となる情報を元に、マーズはラーに最後の戦いを挑む。 マーズはラーに勝利するが、暴徒と化した人間たちが「地球が滅ぶとは嘘だったのか」とマーズに襲い掛かり、自衛隊がマーズを守るため止むを得ず暴徒を射殺する。人間たちの醜い争いを目の当たりにしたマーズは、なぜこのような動物を守ろうとしたのかと自問してガイアーの内蔵爆弾を起動、地球を消滅させる。