概要

“かざんポケモン” バクフーンたちと旅を続けている少年・ケンタは、道中たどり着いたポケモンセンターで幼馴染のマリナと再会を果たす。“よなきポケモン” ムウマを連れたマリナは、アイドルトレーナーを目指し修行を続けているという。久しぶりの再会に、お互いのレベルアップを確かめ合おうとポケモンバトルを始める2人。だが白熱のさなか、突如として凄まじい雷鳴が轟き、雷雲が立ち込め稲妻が走る。ただならぬ雰囲気に何かを感じたのか、雷鳴のほうへと飛び出すムウマたち。慌てた2人はそれを追う。時を同じくしてロケット団のバショウとブソンは、ポケモンセンターからほど近い荒野にて“クリスタルシステム”を起動する。稲妻を呼び寄せ、そこから放射されるエネルギーに惹かれ、クリスタルシステムの下に集まる電気ポケモンたち。そんなポケモンたちを捕獲しようと、巨大な秘密メカ・チキンウォーカーを操り襲いかかるブソン。ケンタとマリナはそれを目撃する。飛び出そうとするケンタ。しかしそれよりも少し早く、何者かの咆哮が大地を揺るがす。小高い丘に浮かび上る電気をまとったシルエット。空を突き破る雷とともに、“いかずちポケモン” ライコウが現れる。ライコウはポケモンたちを庇うが逆に自分が捕らえられてしまう。それを見ていたケンタはライコウを助けようと立ち向かうが、バショウのハガネールやブソンのエアームドに圧倒されてしまう。そこでマリナはムウマの「ほろびのうた」でロケット団のポケモンを撃退。弱ったライコウはポケモンセンターに運ばれる。ケンタはなんとしてでもライコウを守ろうと決心する。翌日、ライコウは回復したもののロケット団におびき出されてしまう。ケンタはマリナや研究家のミナキと共にライコウを追う。ライコウはロケット団に捕まりかけるが、そこにジュンイチがメガニウムと共にかけつける。ケンタはマリナやジュンイチと共にクリスタルに集中攻撃を仕掛けるが、クリスタルが爆発。その隙にライコウはロケット団に捕まるが、マリナまで巻き添えを食らう羽目に。マリナはメカの扉を開けてライコウを逃がす代償としてロケット団に捕らわれの身になってしまう。ケンタたちはマリナを救出しようとロケット団の後を追う。そこへ駆けつけたライコウによってマリナは救われ、クリスタルのコントロールを制御させた。しかし、安心したのもつかの間。コントロールを壊されたことでクリスタルはブラックホールと化し、ライコウの電気をすべて吸収しようとし始めた。ロケット団はライコウの電気と命を奪って、肉体のみになったライコウを捕獲しようというのだ。ケンタたちはライコウを救出しようとするが、また爆発が起きたらさすがのライコウもひとたまりもない。そこでミナキは「ゼロ距離攻撃」で救出するしかないと提案するが、それでは自分たちのポケモンも犠牲にしなくてはならいと戸惑うケンタたち。しかし、バクフーンは覚悟を決めていた。ケンタたちはやるしかないと決心する。ムウマがロケット団のポケモンたちを足止めし、その隙にバクフーンとメガニウムはクリスタルを破壊しようとする。しかし、ロケット団も妨害に入り、ポケモンのみならずケンタたちにも攻撃し始めた。勿論、ケンタたちもポケモンたちもあきらめなかった。もう少しでクリスタルが破壊されかけるところでハガネールが現れる。ケンタたちは体を張ってライコウを守ろうとすると、クリスタルフィールドの中からライコウが雷を放ちハガネールを倒す。電気以外の攻撃に耐え切れなくなったクリスタルは遂に崩壊。ロケット団は悔しがりながらも撤退した。ケンタ